Durante o processo de conquista, que envolveu a catequização de índios pelos jesuítas, os portugueses aliaram-se a comunidades indígenas que habitavam a região de São Vicente e de São Paulo de Piratininga como Tupiniquins e Guaianazes. Os portugueses e seus aliados passaram a invadir aldeias e escravizar índios de outras comunidades, utilizando-os como mão-de-obra escrava.

Ao serem atacados, os índios Tupinambás e de outras comunidades organizaram-se e formaram a "Confederação Tamuya" (da antiga língua Tupi, o Tupi arcaico, origem da língua Tupi-Guarani, que significa: o mais antigo, os primeiros e verdadeiros donos da terra) ou, como é conhecida hoje, Confederação dos Tamoios (na língua indígena não existe o plural e o uso do "s" como na língua portuguesa), passando a enfrentar os portugueses. "A Confederação foi, então, a união dos índios verdadeira donos da terra".

Em 1563, jesuítas fundadores e administradores de colônias da Corôa Portuguesa (Império e Governo de Portugal Quinhentista): Pe. Manuel da Nóbrega e o noviço José de Anchieta vieram como "embaixadores" (astuciosos diplomatas) negociar a paz entre portugueses e os líderes da Confederação dos Tamoios: índios Tupinambás, na Aldeia Iperoig. Era urgente que se fizesse à paz antes que os indígenas confederados, mais de três mil guerreiros, invadissem os povoados e aldeias portuguesas. O Padre Nóbrega retomou para Bertioga com o Chefe da Confederação, o Cacique Cunhambebe. Anchieta ficou como refém, iniciando seu famoso Poema á Virgem, até a concretização do acordo ou tratado oficial de paz, o primeiro do Brasil, firmado em 14 de setembro de 1563, batizado como Tratado de Paz de Iperoig.

Com a paz firmada, o Governador Geral do Rio de Janeiro, Salvador Corrêa de Sã e Benevides, tomou providências para colonizar a região desde o Rio Juqueriquerê, entre São Sebastião e Caraguatatuba, municípios do atual Estado de São Paulo, até Cabo Frio, no atual Estado do R. J. Essas terras na época pertenciam a Capitania de São Vicente. Benevides enviou tropas de soldados que expulsaram os franceses (antigos aliados dos Tupinambás) do Rio de Janeiro, acabando com a sua colônia França Antártica, e tropas de soldados que atacaram e destruíram as aldeias Tupinambás como a de Iperoig, traindo o acordo de paz. Concedeu sesmarias aos primeiros colonizadores portugueses como lnocêncio de Unhate, Miguel Gonçalves, Capitão Gonçalo Correa de Sã, Martim de Sã, Belchior Conqueiro e a Jordão Homem Albernaz da Costa, sesmeiro que pleiteou a emancipação político-administrativa do povoado de Ubatuba.

O povoado foi emancipado e elevado à categoria de Vila com o nome de Vila Nova da Exaltação à Santa Cruz do Salvador de Ubatuba, tendo como fundador Jordão Albemaz Homem da Costa, português da Ilha Terceira, promovido a loco-tenente e capitão-mor. Foram construídas a Câmara, a Cadeia e a Igreja dedicada a Nossa Sra. da Conceição em terras doadas pela sesmeira D. Maria Alves por ordem e autorização do Governador Geral do Rio de Janeiro, em 28 de outubro de 1637. Autorização mantida e confirmada pela Condessa de Vimieiro, D. Mariana de Sousa Guerra, donatário da Capitania de Itanhaém (ex São Vicente), da qual faziam parte as sesmarias da região de Ubatuba (do Rio Juqueriquerê, em Caraguatatuba, até a região de Cabo Frio), em 27 de agosto de 1638. A Condessa de Vimieiro também promoveu Jordão da Costa a ouvidor.

Os povoadores se instalaram ao longo da costa, utilizando o mar como meio de transporte (canoas de voga, as longas canoas de um tronco só) e praticaram uma agricultura de subsistência com o auxílio de poucos escravos indígenas. A "pobreza" enfrentada pelos primeiros povoadores da região permaneceu até o final do séc. XVIII época da descoberta de ouro nas Minas Gerais. Com o início da lavoura da cana-de-açúcar, passaram a exportar açúcar e aguardente (pinga) em tonéis de madeira, além de farinha de mandioca e outros alimentos para o abastecimento da região das Minas.

Em 1787, o presidente da Província de São Paulo, Bemardo José de Lorena, através de um Édito (Lei) decretou que todas as embarcações com mercadorias a serem exportadas do litoral paulista seriam obrigadas a descarregar no porto de Santos, onde os preços obtidos pelas mercadorias eram mais baixos. A partir do Édito de Lorena, Ubatuba entrou em decadência e muitos produtores abandonaram ou destruíram os canaviais. Os que ficaram passaram a cultivar apenas o necessário para sua sobrevivência.

A situação melhorou em 1808 com a abertura dos portos às "nações amigas", pelo Príncipe-Regente D. João VI (com o Brasil elevado à condição de Reino Unido aos de Portugal e Algarves). A medida beneficiou diretamente a Vila de Ubatuba: o café passou a ser cultivado na região e, depois, em todo o Vale do Paraíba, por um grande contingente de escravos negros e, as transações comerciais de importação e exportação do ouro negro (o café) e de outras mercadorias no porto ubatubano cresceram e enriqueceram cafeicultores, comerciantes e tropeiros (que realizavam o transporte de mercadorias valeparaibanas em mulas, através da antiga Estrada Imperial, que ligava o Planalto à Costa, até o Porto).

Ubatuba ocupou o primeiro lugar na renda municipal do Estado e ganhou "status" de capital. A riqueza se tomou visível em novas construções como teatro, chafariz com água encanada, mercado municipal e os grandes casarões e sobrados da resplandecente elite ubatubense, como o Sobradão de Manoel Baltazar da Cunha Fortes (cafeicultor e comerciante), hoje sede da Fundart - Fundação de Arte e Cultura de Ubatuba.

Essa enriquecida Vila de Ubatuba foi elevada à categoria de município em 1855 e, em 1872, foi elevada ao status de Comarca juntamente com a Vila de São José do Paraíba (S. J. dos Campos). Datam desse período a construção do Paço Nóbrega, atual Câmara Municipal, e a Igreja Matriz.

Mudanças na política; a construção da ferrovia Santos-Jundiaí e, posteriormente, de outras; o deslocamento da produção do café para as férteis e extensas terras do Oeste Paulista, origem da decadência das cidades do Vale do Paraíba (as quais, graças ao escritor Monteiro Lobato ficaram conhecidas como "Cidades Mortas") e, por fim, a Abolição da Escravatura, provocaram uma irreversível mudança na economia brasileira do final do Império e início do Regime Republicano. Essas mudanças na economia alcançaram Ubatuba deixando-a, também, decadente. O Porto foi fechado, extinguiram-se fazendas e ubatubenses deixaram suas terras. As estradas até o Planalto e as plantações foram engolidas pela mata atlântica. Prédios abandonados acabaram em ruínas e desmoronaram.

De 1870 a 1932 Ubatuba ficou isolada, suas terras desvalorizadas. Em 1940 Ubatuba se resumia a 3.227 habitantes.

Em 1932, com o objetivo de integrar a região cujo isolamento ficou patente na Revolução Constitucionalista, o Governo Paulista promoveu a reabertura da antiga Estrada Imperial e melhorias que tornaram possível a passagem de veículos. O Município passou a contar com uma ligação permanente com o Vale do Paraíba de onde vieram os primeiros turistas reaquecendo a economia ubatubana.

No início da década de 50, com a abertura da SP55: Ubatuba-Caraguatatuba, itensifica-se o turismo e a especulação imobiliária. Em 1967, Ubatuba foi elevada à Estância Balneária. Aos poucos, Ubatuba começou a desenvolver a sua vocação turística que foi reconhecida no final da década de 60 (Séc. XX) por Francisco Matarazzo Sobrinho, um industrial e mecenas das artes de São Paulo que foi eleito prefeito da Cidade, a reestruturou administrativamente e efetuou muitas melhorias. Graças a Matarazzo, Ubatuba ficou muito conhecido e recebeu um grande impulso progressista com a construção da rodovia BR-101 (Rio-Santos) em 1972.

O turismo é a maior fonte de renda do Município de Ubatuba. Atualmente, é desenvolvido o Turismo Ecológico-Arnbiental, de Aventura e Cultural, pois Ubatuba possui um vasto Patrimônio Natural e Histórico-Cultural: fauna e flora da Mata Atlântica, mais de 80 praias (Continente e Ilhas), cachoeiras, ruínas de antigas fazendas (entre as primeiras do Brasil), antigas construções no centro do Município, sua História e sua Cultura Popular, além do Patrimônio Humano: caiçaras quilombolas e índios Guaranis.